《超級機器人大戰(zhàn)·原創(chuàng)世紀》的背景是新西歷，人類正式開始進出宇宙2世紀，但因為2次大型隕石的墜下，人們的生活還是維持在21世紀初。到了新西歷179年，第3顆隕石“流星3(メテオ3)”墜落于南太平洋的マーケサズ群島海面。地球連邦政府經(jīng)過調(diào)查，發(fā)現(xiàn)是由人類未知的技術(shù)制造的物體，這種地球以外的技術(shù)被稱為EOT(Extra over technology)。地球連邦政府組成了“EOT特別審議會”和“EOTI機關(guān)”進行調(diào)查。然后EOTI機關(guān)的代表比安博士發(fā)表了研究結(jié)果，表示地球有被宇宙以外的生命體侵略的危機。從此，人型機動兵器：Personal Trooper的研究開始了。